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 純PS為白色蠟狀固體,溶于含少量水的多數非極性溶劑,不溶于無水丙酮,可用氯仿甲醇提取法從組織細胞中提取。當PS溶于水時,除極少數形成真溶液外,絕大部分不溶的脂類形成微團。在pH7時,PS帶有兩個負電荷和一個正電荷,凈剩一個負電荷。用弱堿水解生成脂肪酸的金屬鹽,剩余部分不被水解;用強堿水解則生成脂肪酸、絲氨酸和磷酸甘油。PS暴露空氣中易被氧化,顏色逐漸變Chemicalbook深,由白色到黃色,最后呈黑色。自然態的PS幾乎不受酒精影響,飽和PS和酒精形成交錯鏈狀凝膠,而二棕櫚酰基-磷脂酰絲氨酸與5%的酒精在室溫下相互作用能誘導形成規則的凝膠。結構PS由三部分組成親水性的甘油骨架為頭部,兩個較長烴鏈的親油基團為尾部。頭部由三個基團組成絲氨酸殘基與磷酸殘基結合后與C-3位甘油的輕基連接甘油的另外兩個輕基分別與脂肪酸成酷后組成尾部。

甘油C-2位的脂肪酸與C-1位的脂肪酸相比,碳鏈一般更長,而且不飽和鍵更多。磷脂酞絲氨酸（PS）指的是一組化合物,而并非單一成分,這是由于不同來源的原料提取的產品脂乙酞Chemicalbook殘基變化非常大。PS具有雙親性,即它有親水性的同時又具有親油性。其結構決定了它的獨特性質,帶有負電荷的頭部為親水性（或水溶性）,由脂肪酸組成的尾部為親脂性（或脂溶性）。