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 該法具有較高的特異性和快速溫和等特點,但反應需要高能物質UDP或高濃度磷酸鹽,而且磷酸化酶極不穩定,轉化率只有60%,難于實現大規模的工業化生產;（2）在一些非常見細菌,如脂肪桿菌和某些耐熱菌中發現一種海藻糖合成酶(trehalosesynthase),它能將A,A-1,4-麥芽糖在分子內重組成A,A-1,1-海藻糖。該酶具有較嚴格的底物專一性,只作用于麥芽糖生成海藻糖及從海藻糖生成麥芽糖,前者的反應明顯優于后者。3.以淀粉為底物以淀粉為底物生產海藻糖也有兩條途徑:條途徑是利用Chemicalbook葡萄糖基轉移酶(glycosyltransferGTase)和淀粉酶(amylase)將淀粉轉化成海藻糖,轉化率可達8115%,這類酶廣泛存在于硫化葉菌科中,第一種酶是分子內轉糖基酶,將麥芽寡糖水解產生的葡糖基轉移到麥芽寡糖還原末端葡糖基C1-OH位置,產生A,A-1,1-葡糖基海藻糖;淀粉酶水解葡糖基海藻糖生成海藻糖和麥芽寡糖,該酶僅切割各種葡糖基海藻糖中與海藻糖相鄰的A,A-1,4-糖苷鍵,是一種新型A-淀粉酶。這兩種酶熱穩定性好,淀粉價格便宜,可望成為工業生產海藻糖的新途徑。