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 蛋白酶通常都是用發酵法制備的。其用途十分廣泛。食品工業(醬油釀造、制乳酪、制面包、點心、通心粉、肉類加工、釀酒、制蛋白水解物、脫腥、氨基酸調料、凝乳、嫩Chemicalbook肉粉等);日用化學工業(洗滌劑添加劑、牙膏、化妝品等)；皮革工業(脫毛、軟皮)；制明膠；制膠原纖維；制藥；處理廢感光膠片；飼料工業、石油工業(脫蠟)等。

蛋白酶對其水解的肽鍵鄰近的基團有一定的專一性要求，例如，羧肽酶和氨肽酶分別要求其作用的肽鍵鄰近有游離的羧基和氨基;胰凝乳蛋白酶要求其水解肽鍵的羧基端為芳香族氨基酸(酪氨酸或色氨酸等)，而胰蛋白酶則要求為堿性氨基酸(賴氨酸或精氨酸等)。有關蛋白酶的用途、專一性、水解蛋白方式等是由Chemicalbook的利杰編輯整理。（2016-01-24）生產蛋白酶菌種可選作大規模生產蛋白酶的菌種種類很多，例如：①產堿性蛋白酶的如地Chemicalbook衣芽孢桿菌(Bacilluslicheniformis)、短小芽孢桿菌(B.pumilus)、嗜堿芽孢桿菌(B.alcalophilus)、灰色鏈霉菌(Streptomycesgriseus)和弗氏鏈霉菌(S.fradiae)等;②產中性蛋白酶的如枯草芽孢桿菌(B.subtilis)和棲土曲霉(Aspergillusterricola)等;③產酸性蛋白酶的如黑曲霉(A.niger)和宇佐美曲霉(A.usamii)等。